シングルセル解析（タカラバイオ社）
シングルセル解析のご紹介
特徴
- 最大100万個のシングルセルに分画して次世代シーケンサーで解析
- シングルセル遺伝子発現Flexを用いることで固定化サンプルの解析が可能になり、細胞生存率がバイアスにならず、保管・輸送も容易に
- 細胞、組織、FFPE検体など幅広いサンプルに対応
- 18,000以上のヒト遺伝子と19,000以上のマウス遺伝子をカバーするプローブを使用
- ロングリードscRNA-Seq（MAS-Iso-Seq）にも対応
シングルセル遺伝子発現Flex
プローブベースのプロファイリングにより固定化サンプルの解析が可能になったため、細胞生存率によるバイアスが低減し、より実際の発現プロファイルに近いデータが取得できるようになりました。また、マルチプレックスが可能なアッセイとなっているため、スループット性も向上しています。
Loupe Browserを用いた解析結果例
クラスタリングの結果を視覚的に確認可能です。
tSNE上において特定の遺伝子がどのセルにおいてどの程度発現したかを確認することができます。
サービス詳細内容
固定化組織または細胞（もしくは凍結組織または細胞）を送付いただき、Chromium Xを用いてシングルセルに分画後、シーケンスライブラリーを作製します。NovaSeq Xなどの次世代シーケンサーで解析後、機器付属のソフトウェアCell RangerやLoupe Browserを用いて解析した結果を納品いたします。不均一な細胞集団をシングルセル解析することにより、新規の細胞マーカーや制御パスウェイの発見、新規の細胞タイプの発見や細胞タイプの明確化、発生過程や分化過程の理解につなげることが可能です。サンプルの固定化処理から、最新の次世代シーケンサーを用いてハイスループットに配列を取得し、情報解析を含めたすべての工程をサポートします。
| 価格 | 納期 |
|---|---|
| お問合せ | お問合せ |
オプション
シングルセル 高次解析
Cell Ranger/Loupe Browserの解析に加え、より高度な3次解析にも対応しています。オリジナルビューワで閲覧いただけます。
Trajectory解析
各細胞の発現情報の類似度をもとに、細胞間に軌道を引くことができる解析。類似度を疑似的な時間に変換することができ、幹細胞分化を追跡する解析などにおすすめ。各細胞のPseudoTimeを色で表し、細胞の軌道を線で示している。
細胞種予測
データベースの情報を使用した細胞種の推定解析。予測された細胞種をtSNE上で色別で示している。
※生物種や組織によってはアノテーションを付けられない場合があります。
バッチ補正
実験的なノイズを補正して、より生物学的な差を検出しやすくする処理。補正前では明らかに検体毎の偏りが見られているが、バッチ補正によりそれが緩和されていることを示している。
共発現ネットワーク
細胞種やクラスタごとに、発現情報が似ている遺伝子をネットワークで可視化する解析。同じような発現パターンの遺伝子を探すことができる。発現パターンが似た遺伝子を線でつないで表示している。
サンプル要件
事前に資料（シングルセル解析サンプル提供の手引き）をご確認いただき、サンプル調製・保存を行ってください。ご不明点があれば事前にお問い合わせください。
| 提供サンプル種 | 必要量 | 基準 （サンプル送付前にご確認の上、ご送付ください） | 輸送温度 | 注意事項 |
|---|---|---|---|---|
| 凍結細胞 | 1.0×106 cells以上 | 生存率80%以上 | －150 ℃ （ドライシッパー） | 細胞サイズは直径30 μm以下 ※－80℃輸送は生存率にご注意ください。 |
| 凍結組織 | 25 mg以上 | － | －150 ℃ （ドライシッパー） | 液体窒素保管（－150℃）推奨 ※－80℃保管の場合はクライオチューブで霜を防いでください。 ※－80℃輸送は霜にご注意ください。 |
| FFPE検体 | FFPEブロック | － | 4℃ （保冷剤） | 凍結組織などと比べると、検出遺伝子数が少なくなる傾向があります。 |
| 固定化細胞 ※固定化組織を分散したものも含む | 2.0×105～2.0×106 cells | － | －80℃ （ドライアイス） | － |
納品物
- 作業報告書
- シーケンスデータ（fastq）
- 解析データ（Cell Ranger解析結果） 一式