シングルセルRNA-seq解析(KOTAIバイオテクノロジーズ社)

シングルセルRNA-seqのご紹介

シングルセルRNA-seqの特徴

シングルセル 3’RNA-seq解析では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル 3’RNA-seqでは、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。

サンプルイメージ
  • 同一細胞内のmRNA発現を同定可能
  • 希少な細胞種やmRNA発現を検出
  • 細胞の不均一性を解析

サービス概要

KOTAIバイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルRNA-seqのライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

詳細はサービスの流れをご確認ください。

サンプル調製のフロー

10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調整します。詳しくはKOTAIバイオテクノロジーズ社のHPをご確認ください。

① 細胞凍結

細胞分散した後、40 μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。

② 細胞溶解・セルカウント

細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率を測定します。

③ シングルセル単離

オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離します。細胞1つにつき、1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれます。

④ ライブラリー作製

cDNA合成・PCR増幅

⑤ シーケンス

5,000細胞以上解析・リード数5000/細胞以上(レパトア)、リード数3万/細胞以上を基準にしてシーケンスを行います。

⑥ データ解析

Cell RangerでFastq解析します。

⑦ バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser (10x Genomics社製ソフト)や独自パイプライン等を用いて解析します。

サービス詳細内容

受託内容価格(税抜)納期
10x Chromium Single Cell 3’RNA-seq(実験+シーケンス+解析)¥880,000約6週間
10x Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression(実験+シーケンス+解析)¥1,450,000約8週間
死細胞除去オプション¥50,000お問合せ
Totalseq抗体オプション2サンプル (実験+シーケンス+解析)¥80,000
核抽出方法最適化(細胞/組織)細胞:¥60,000
組織:¥120,000

サンプル受け入れ条件

サンプル要件(凍結細胞からの調整の場合)
  • 細胞が単離された状態で凍結されている
  • 細胞数100万細胞以上
  • (凍結融解後)生存率80%以上
  • 細胞サイズは直径30μm以下
  • (ヒト生体試料・臨床検体の場合) 情報が匿名化されている

〇出張で新鮮細胞から対応できます

細胞数が少ない or 凍結するとバイアビリティが低くなる場合、Chromium Single Cell Controllerを研究室に持ち込み、新鮮細胞からシングルセル化を行います(別途オプション価格がかかります)。

〇TotalseqB-Hashtag抗体で複数サンプルを1検体分として調整可能です

特定のマーカーが発現されている細胞であれば、TotalSeqB-Hashtag抗体で細胞ごとにタグ付けし、複数サンプルをまとめて1検体として調整できます(別途オプション価格がかかります)。

特定のマーカーが発現されている細胞であれば、TotalSeqB-Hashtag抗体で細胞ごとにタグ付けし、複数サンプルをまとめて1検体として調整できます
  • 1検体当たりの解析対象が最大1万細胞のため、 複数サンプル混合の場合、1サンプル当たりの解析細胞数はその分減少します。
  • 右表のマーカーが発現されている細胞に限ります。
  • BioLegendのライセンスの都合上、Totalseq抗体はお客様でご購入する必要があります。
ヒトCD298 または β2ミクログロブリン
マウスCD45 または H-2 MHCクラスI

参考:マルチオミクス解析用試薬 TotalSeq™

〇ライブラリ作製の途中からご委託可能です

step1.5 GEM-RT Incubationまでお客様で実施いただき、サンプルと試薬を送付いただければ、step2.1 Post GEM RT-Cleanup – Dynabeadからご委託可能です。

GEM-RT Incubationまでお客様で実施いただき、サンプルと試薬を送付いただければ、step2.1 Post GEM RT-Cleanup – Dynabeadからご委託可能です。

納品物

お客様がシーケンスをされる場合ライブラリー
KOTAIバイオテクノロジーズ社がシーケンスをする場合シーケンス結果のFastqファイルとCell Ranger(解析ソフトウェア)での解析結果のデータ

ご使用例

当サイト内に掲載されている仕様、*価格は予告なく変更されることがあります。*表示価格はすべて税抜き価格です。

<購入方法に関するお問い合わせ>

岩井化学薬品株式会社
<お問い合わせフォーム>もしくは<最寄りの弊社事業所>まで

<製品に関するお問い合わせ>

KOTAIバイオテクノロジーズ株式会社
[TEL] 06-6170-5267 もしくは<お問い合わせフォーム>まで

本ページに掲載の商品は全て研究用受託です。研究目的以外の用途にはご使用できません。また、個人の方への販売は行っておりません。