シングルセルRNA-seq解析（KOTAIバイオテクノロジーズ社）
シングルセルRNA-seqのご紹介
シングルセルRNA-seqの特徴
シングルセル 3’RNA-seq解析では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル 3’RNA-seqでは、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。
- 同一細胞内のmRNA発現を同定可能
- 希少な細胞種やmRNA発現を検出
- 細胞の不均一性を解析
サービス概要
KOTAIバイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルRNA-seqのライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。
詳細はサービスの流れをご確認ください。
サンプル調製のフロー
10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調整します。詳しくはKOTAIバイオテクノロジーズ社のHPをご確認ください。
① 細胞凍結
細胞分散した後、40 μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。
② 細胞溶解・セルカウント
細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率を測定します。
③ シングルセル単離
オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離します。細胞1つにつき、1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれます。
④ ライブラリー作製
cDNA合成・PCR増幅
⑤ シーケンス
5,000細胞以上解析・リード数5000/細胞以上(レパトア)、リード数3万/細胞以上を基準にしてシーケンスを行います。
⑥ データ解析
Cell RangerでFastq解析します。
⑦ バイオインフォマティクス解析
LoupeBrowser (10x Genomics社製ソフト)や独自パイプライン等を用いて解析します。
サービス詳細内容
| 受託内容 | 価格(税抜) | 納期 |
|---|---|---|
| 10x Chromium Single Cell 3’RNA-seq（実験+シーケンス+解析） | ¥880,000 | 約6週間 |
| 10x Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression（実験+シーケンス+解析） | ¥1,450,000 | 約8週間 |
| 死細胞除去オプション | ¥50,000 | お問合せ |
| Totalseq抗体オプション２サンプル （実験+シーケンス+解析） | ¥80,000 | |
| 核抽出方法最適化（細胞／組織） | 細胞：¥60,000 組織：¥120,000 |
サンプル受け入れ条件
| サンプル要件（凍結細胞からの調整の場合） |
|---|
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〇出張で新鮮細胞から対応できます
細胞数が少ない or 凍結するとバイアビリティが低くなる場合、Chromium Single Cell Controllerを研究室に持ち込み、新鮮細胞からシングルセル化を行います（別途オプション価格がかかります）。
〇TotalseqB-Hashtag抗体で複数サンプルを1検体分として調整可能です
特定のマーカーが発現されている細胞であれば、TotalSeqB-Hashtag抗体で細胞ごとにタグ付けし、複数サンプルをまとめて1検体として調整できます（別途オプション価格がかかります）。
- 1検体当たりの解析対象が最大1万細胞のため、 複数サンプル混合の場合、1サンプル当たりの解析細胞数はその分減少します。
- 右表のマーカーが発現されている細胞に限ります。
- BioLegendのライセンスの都合上、Totalseq抗体はお客様でご購入する必要があります。
| ヒト | CD298 または β2ミクログロブリン |
|---|---|
| マウス | CD45 または H-2 MHCクラスI |
〇ライブラリ作製の途中からご委託可能です
step1.5 GEM-RT Incubationまでお客様で実施いただき、サンプルと試薬を送付いただければ、step2.1 Post GEM RT-Cleanup – Dynabeadからご委託可能です。
納品物
| お客様がシーケンスをされる場合 | ライブラリー |
|---|---|
| KOTAIバイオテクノロジーズ社がシーケンスをする場合 | シーケンス結果のFastqファイルとCell Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータ |