シングルセル遺伝子発現Flex（KOTAIバイオテクノロジーズ社）
シングルセル遺伝子発現Flexのご紹介
シングルセル遺伝子発現Flexの特徴
ホルマリン固定した組織や細胞のｍRNAをプローブを用いて検出し、遺伝子発現解析をシングルセルレベルで実施するアプリケーションです。シングルセル遺伝子発現Flexは固定した細胞での遺伝子発現解析を行うことが可能です。
- 培養細胞や凍結細胞を固定して解析
- 組織を固定後に分散して解析
- FFPEブロックから切り出した切片を分散して解析
- これまで解析が難しかった、凍結組織やFFPEブロックからシングルセル解析が可能
固定組織（10x Genomics社試薬による固定、FFPE等）から細胞、核、FACSソート細胞まで、これまで対応できなかったサンプルも容易に解析できるようになりました。 - 細胞・組織を固定することで、解析したいタイミングを逃さない
解析したいタイミングで採取したサンプルを固定すれば、長期間解析品質を損なわずサンプルを保管することが可能です。これにより、柔軟な実験計画が可能になります。 - Multiplex解析で検体あたりの費用を抑えつつ、多検体解析に対応
Flex試薬は1、4または16-plexの同時解析が可能な設計で、サンプルあたりのコストが改善しています。サンプル数に応じて定価設定が異なりますので詳しくはお問い合わせください。 - より高感度な遺伝子検出
プローブによる全トランスクリプトーム解析技術を用いることで、 分解したRNAや低発現遺伝子も検出しやすくなりました。
サービス概要
シングルセル遺伝子発現Flexは固定した細胞に異なるバーコードがついたプローブをハイブリダイゼーションし、このプローブを検出することで多検体の同時解析が可能なサービスです。従来のシングルセル解析では難しかった壊れやすい細胞やターンオーバーの早い細胞にも対応でき、多検体を同時に解析することでよりリーズナブルな価格でのご提供が可能となりました。
お客様から固定細胞・固定組織・FFPEブロック等をご送付いただき、シングルセル遺伝子発現Flexライブラリーを作製します。凍結細胞の場合は固定からの受託も可能です。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。
詳細はサービスの流れをご確認ください。
サンプル調製のフロー
10x Genomic社のChromium Fixed RNA Profiling Reagent Kitを使用し以下のフローでサンプルを調製します。 詳しくはKOTAIバイオテクノロジーズ社のHPをご確認ください。
① 固定組織や固定細胞、固定核又はFFPE切片のご準備
検体の輸送時には要件があります。詳しくはKOTAIバイオテクノロジーズ社のHPをご確認ください。
② 組織分散・セルカウント
固定組織やFFPE切片をお送りいただいた場合は組織分散を行います(費用別途)。組織分散後又は固定細胞・核受領後、セルカウンターによる細胞数測定を行います。
③ RNA抽出・DV200測定
固定細胞・核からRNA抽出を行いDV200を測定します。
④ シングルセル単離
ChromiumXを用いてオイルと水のドロップレットにより細胞を単離します。
⑤ ライブラリー作製
cDNA合成・PCR増幅
⑥ シーケンス
細胞あたり1.5万ペアリードで解析します。それ以上をご希望の場合はご相談ください。
⑦ データ解析
Cell RangerとLoupe Browser (10x Genomics社製ソフト)を用いた解析を行います。
サービス詳細内容
| 受託内容 | 価格(税別) | 納期 |
|---|---|---|
| Flex(Fixed RNA Profiling) | 1サンプル：¥880,000 4サンプル：¥1,720,000 （他サンプル数の場合、お問い合わせください） | お問合せ |
| 細胞固定 | サンプル当たり¥45,000 | |
| 組織分散(10x試薬固定) | サンプル当たり¥40,000 | |
| 組織分散(FFPE) | サンプル当たり¥64,000 |
※細胞種や解析内容によっては、上下することもございます
サンプル受け入れ条件
凍結細胞からの調製の場合、以下の条件を満たすサンプルのみ受け入れ可能です。
| 凍結細胞 | 固定細胞 | 固定組織 | FFPE切片 |
|---|---|---|---|
| 「細胞固定」追加オプションが必要 | - | 「組織分散(10x試薬固定)」追加オプションが必要 | 「組織分散(FFPE)」追加オプションが必要 |
| ＞200万細胞 | ＜150万細胞 | 分散後に150万個以上に相当する組織量 | 分散後に150万個以上に相当する切片枚数 |
| 融解後生存率＞80% | - | - | - |
※細胞直径30μm以下
※凍結組織を固定する場合は液体窒素中で保存された凍結組織であること
※ヒトまたはマウス由来細胞であること
※ヒト生体試料・臨床検体の場合、情報が匿名化されていること
納品物
| お客様がシーケンスをされる場合 | ライブラリー |
|---|---|
| KOTAIバイオテクノロジーズ社がシーケンスをする場合 | シーケンス結果のFastqファイルとCell Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータ |