シングルセルRNA-seq（アメリエフ社）
シングルセルRNA-seq解析のご紹介
シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。
実験ポイント
シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。また、ライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。
解析ポイント
特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。
研究事例
がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究
薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在することが明らかになりました。
発生/分化分野での毛包形成研究
全世界で男性の50％、女性の25％が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。
サービス詳細内容
アメリエフ社の受託解析では、経験豊富なデータ解析専門家による研究目的・成果にフォーカスした報告が、数多くのお客様よりご支持いただいております。是非、アメリエフの受託解析ノウハウが詰まった、報告会の様子を動画でご体験ください。
アメリエフ社の受託解析サービスの特徴
- 経験豊富なデータ解析の専門家が解析結果の意味や解釈をご説明
- 研究目的・成果にフォーカスした報告内容
- 解析結果の活用を丁寧にフォロー・サポート
シングルセルRNAシーケンス
- 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリ調製
- illumina社 NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング
- Cell Rangerによる発現定量
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| お問合せ | お問合せ |
シングルセルRNAシーケンス サンプル受け入れ要件
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※ ヒトおよびマウス、ラット以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
※ 納品にかかる費用 (クラウドまたはHDD) を別途頂戴します。
※ シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。その際には出張費をご請求いたします。また、ノボジーン株式会社ラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問い合せください。
バイオインフォマティクス解析
- 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot））
- サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、GO（Gene Ontology）解析、Reactomeパスウェイ解析）
- 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）
| 価格 | 納期 |
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バイオインフォマティクス解析 供与物
| 供与物 |
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納品物
下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
- 報告書
- Cell Ranger解析結果一式
- Loupe Browser用閲覧ファイル
- クラスタリング結果のPCA/t-SNEプロット（PDF）
- 各クラスタの発現マトリクスファイル（CSV）
- Feature plot（PDF）
- 発現変動遺伝子リストファイル（XLSX）